1950-ben váratlan fordulat érte a magyarországi Ferences Rendet. A június 12-ről 13-ára virradó éjszakán Siklós, Máriagyűd, Pécs, Mohács, Szeged kolostorait felriasztották a Belügyminisztérium emberei és ponyvás teherautókon internáló táborokba szállították a szerzeteseket, aztán a többi kolostort is lefoglalták. Három férfi és egy női szerzetesrend maradhatott meg 70-re csökkentett létszámmal 2-2 gimnázium ellátására: a bencések, a piaristák, a ferencesek és a Miasszonyunk Szegedi Iskolanővérek.
A Ferences Rend két magyarországi tartománya közül a kapisztránus provincia vezetői vállalták a feladatot, de ott álltak koldusként, mivel tanítással ebben a században nem foglalkoztak, nem volt iskolájuk. Megkapták az addig a másik ferences rendtartomány, a mariánusok által fenntartott esztergomi gimnáziumot és másiknak a szentendrei volt egyházközségi gimnáziumot, mely egy rozzant épületben, a volt csendőrlaktanyában működött.
A kezdetek
1950-ben a rend dr. Nagy Konstantint bízta meg az igazgatói teendők ellátásával. Pedagógiai végzettsége nem, de jogi végzettsége volt, ez és jó diplomáciai érzéke tették erre a posztra alkalmassá. A tanári kar – nem lévén ferences tanár – a különböző szerzetesrendekből állt össze. 1955-ben igazgatóváltásra került sor, P. Nagy Konstantin visszament lelkipásztori szolgálatba, helyére P. Sebestyén Szaniszló került, akinek 20 éves igazgatósága alatt megerősödött és fejlődésnek indult az intézmény.
1954-ben beálltak a tanításba a fiatal ferences tanárok, akik 1950-től 1954-ig megszerezték a tanári diplomát: Töhötöm, Vid, Gilbert, Elek és Konrád atya. Majd évenként újra egy-egy tanár: György, Flórián, Ányos, Ferenc atya. 1956-ban Odiló atya sapka- és kitűzőjelvényt tervezett: kék mezőben Szent Ferenc tenyeréből a Nap felé szálló pacsirta. Máig is ez iskola jelvénye.
Az építkezések
1963-ban Váradi Béla tartományfőnök meg tudta szerezni az Állami Egyházügyi Hivatal (ÁEH) jóváhagyását egy tornaterem és két tanterem építésére. A tervező Dragonits Tamás azonban a két tanterem fölé még két tantermet tervezett és meg is építették, amit bírságolással megúsztak. A következő években a régi épület felújítása következett. A 70-es években átmenetileg csökkent, majd újra nőtt a jelentkező diákok száma. 1982-ben az igazgató P. Hegedüs Kolos az ÁEH-nál kitartóan kilincselve újabb építési engedélyt kapott. Ez alkalommal nagyszabású átépítés és bővítés következhetett, mely 1990-ig tartott, és melynek költségeit külföldi segélyekből fedezték. Sok mesterember és sok diák segített ebben a munkában az építés szervezését és ugyancsak sok fizikai munkát vállaló Ányos atyának. Ekkor léptünk be, az Ányos atya által megálmodott és a diákokkal elkészített naphimnusz nevű világítóablak, átalakítása (kisebb méretűvé alakítása) restaurálásával, festésével, szines üvegek pótlásával, mely az áthelyezésnek elengedhetetlen része volt